当发票金额大于实际支付金额时，需要采取以下措施进行做账处理：
1. 首先，如果该发票与收款账户相匹配，应检查发票的前后账是否存在不匹配的情况。这有助于确保账目的准确性和一致性。
2. 其次，要查看收款账户的余额，确认准确无误，并着重检查是否有重复收取费用的情况。这有助于避免因重复收费而导致的财务问题。
3. 再次，要核实发票金额是否正确。如果发票金额小于实际支付金额，可能存在折扣或其他原因。这有助于确定是否需要调整账目或与供应商进行沟通。
4. 最后，应及时付款，以免造成拖欠应付款情况，导致公司财务出现滞后。及时付款有助于维护良好的供应商关系和公司声誉。
此外，发票金额大于实际支付金额的情况还可能是由于收取的费用存在其他形式的变动，比如服务费、附加税额、优惠积分数额等。如果出现这些情况，应核实发票是否存在比实际支付金额还高的其他费用，以确保准确无误。
总之，当发票金额大于实际支付金额时，需要仔细核对账目，核实发票的准确性，并及时付款，以避免财务问题和不必要的纠纷。