土地增值税预缴的计税依据主要来源于《土地增值税条例》和《关于土地增值税预缴的规定》以及国家有关规定。根据《条例》，土地使用权出让收入和土地征用补偿收入需要按照规定缴纳土地增值税，受让方或补偿方也需要按规定缴纳税款。
具体来说，当土地使用权发生变动时，受让方或补偿方需要预缴土地增值税。根据《条例》第十四条规定，受让方或补偿方在认定土地使用权发生变动后，应将认定的变动税额的十分之六作为预缴税款。此外，根据《规定》第五条，受让方或补偿方在土地使用权发生变动时，还需提交国土资源行政部门出具的证明性文件，并按照法律法规有关规定申报和缴纳土地增值税。
需要注意的是，土地增值税预缴不仅适用于土地使用权发生变动的情况，还适用于土地出租、出售、抵押、转让等使用权发生变动的情况。此外，《条例》还规定，一般企业及其下属企业在经营用地上建设工程费用中，用于改善土地的专项建设费用的土地增值税也应当缴纳。
总之，土地增值税预缴是一项重要的税收政策，涉及到土地使用权的变动、出租、出售、抵押、转让等多种情况。企业和相关方应当充分了解和遵守相关法律法规，确保合规纳税，避免可能的法律风险。