税务行政赔偿的程序由两部分组成，一是非诉讼程序，即税务机关的内部程序；二是税务行政赔偿诉讼程序，即司法程序。（一）税务行政赔偿非诉讼程序1．税务行政赔偿请求的提出。依据《国家赔偿法》规定，税务赔偿请求人应当先向负有履行赔偿义务的税务机关提出赔偿要求 税务行政赔偿的程序由两部分组成，一是非诉讼程序，即税务机关的内部程序；二是税务行政赔偿诉讼程序，即司法程序。
（一）税务行政赔偿非诉讼程序
1．税务行政赔偿请求的提出。依据《国家赔偿法》规定，税务赔偿请求人应当先向负有履行赔偿义务的税务机关提出赔偿要求。这是税务行政赔偿的必经程序。税务赔偿请求人要求赔偿的项数，可以是一项，也可以是数项，这依税务机关或者其工作人员职务侵权行为的损害后果而定。在共同税务职务行为侵害赔偿案件中，赔偿请求人有权向其中任何一个赔偿义务机关要求赔偿，该赔偿义务机关应当依法先予全部赔偿，而不仅是赔偿自己致害的那一部分，这是因为受害人所受损害是它们共同职务侵权行为所致，它们对赔偿义务负有无限连带责任。如果税务行政赔偿请求人在要求税务行政赔偿的同时，还要求上级税务复议机关或者人民法院确认致害的职务行为违法或者要求撤销该行为，则也可以在申请税务行政复议或者提起税务行政诉讼时，一并提出税务行政赔偿请求。
2．赔偿请求的形式。依据《国家赔偿法》的规定，要求税务行政赔偿的应当递交申请书，申请书应当载明下列事项：
（l）受害人的姓名、性别、年龄、工作单位和住所，法人或者其他组织的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务。
（2）具体的要求、事实根据和理由。
（3）申请的年、月、日。
如果税务行政赔偿请求人书写申请书确有困难，可以委托他人代书，也可以口头申请，由赔偿义务机关记入笔录。
3．对税务行政赔偿请求的处理。税务行政赔偿请求人在法定期限内提出赔偿请求后，负有赔偿义务的税务机关应当自收到申请之日起2个月内依照法定的赔偿方式和计算标准给予赔偿；逾期不赔偿或者赔偿请求人对赔偿数额有异议的，赔偿请求人可以在期间届满之日起3个月内向人民法院提起诉讼。
（二）税务行政赔偿诉讼程序
当税务赔偿义务机关逾期不予赔偿或者税务行政赔偿请求人对赔偿数额有异议时，税务行政赔偿请求人可以向人民法院提起诉讼，此时进入税务行政赔偿诉讼程序。应当注意，税务行政赔偿诉讼与税务行政赔偿非诉讼程序中规定的，可以在提起税务行政诉讼的同时一并提出税务行政赔偿请求不同：
1．在提起税务行政诉讼时一并提出赔偿请求无须经过先行处理，而税务行政赔偿诉讼的提起必须以税务机关的先行处理为条件。
2．依据《行政诉讼法》规定，税务行政诉讼不适用调解，而税务行政赔偿诉讼可以进行调解，因为税务行政赔偿诉讼的核心是税务行政赔偿请求人的人身权、财产权受到的损害是否应当赔偿，应当赔偿多少，权利具有自由处分的性质，存在调解的基础。
3．依据《行政诉讼法》规定，在税务行政诉讼中，被告即税务机关承担举证责任，而在税务行政赔偿诉讼中，损害事实部分的举证责任不可能由税务机关承担，也不应由税务机关承担。
（三）税务行政追偿制度
税务行政追偿制度，是指违法行使职权给 纳税人和其他税务当事人合法权益造成损害的税务机关的工作人员主观有过错，如故意和重大过失，税务机关赔偿其造成的损害以后，再追究其责任的制度。它解决的是税务机关与其工作人员之间的关系。依据《国家赔偿法》的规定，作为履行赔偿义务的税务机关在赔偿损失后，应当责令有故意或者重大过失的工作人员承担全部或者部分赔偿费用。由此可见，税务行政追偿实际上是一种制裁，它是对违法行使职权的工作人员的惩罚。规定追偿制度是为了促使行政机关工作人员格尽职守，防止其滥用职权。《国家赔偿法》还规定，对有故意或者重大过失的工作人员，应当依法给予行政处分；构成犯罪的，应当依法追究刑事责任。
此外，还存在一个针对赔偿义务机关的、类似于追偿的制度。依据国家赔偿费用管理办法规定，如果赔偿义务机关因故意或者重大过失造成赔偿的，或者超出《国家赔偿法》规定的范围和标准赔偿的，同级人民政府可以责令该赔偿义务机关自行承担部分或者全部赔偿费用。