农产品收购发票进项税的抵扣方式有两种。
第一种方式是直接抵扣收购发票上的进项税。根据税务部门的规定，农产品必须开具发票，因此在采购发票上一定会有进项税。企业可以将这些进项税在税务部门的账目中直接抵扣。
第二种方式是索赔抵扣收购发票上的进项税。如果收购发票上的价格过高，企业可以向原出货商要求减免价格。这样一来，企业在收购发票上可以减少索赔部分的进项税，从而抵扣收购发票上的进项税。
在抵扣收购发票上的进项税时，企业需要充分了解税务政策，以及农产品收购市场的变化。这样，企业才能合理申报税收，避免税务风险。
总之，农产品收购发票进项税的抵扣方式有两种：直接抵扣和索赔抵扣。企业需要掌握税务政策和农产品收购市场的变化，以便合理申报税收，避免税务风险。