增值税普通发票的单份发票最高开票限额是5000元。根据《增值税普通发票管理办法》第十四条规定，普通发票开具时，发票面额不得超出收费方收取实际税款金额的500倍，发票单份金额最高不得超出5000元，超出部分应以多张发票表示。
此外，根据《实施增值税改革方案》，自2018年4月1日起，增值税普通发票的最高可开票限额从原来的5000元提高至10000元。同时，个人消费服务类发票的最高可开票限额增加至5000元，货物运输和物流、水路运输服务类发票的最高可开票限额提高至10000元，城市公共交通运输服务类发票的最高可开票限额提高至10000元，财政补贴的结果性支出类发票的最高可开票限额提高至30000元，研究与试验发展类发票的最高可开票限额提高至50000元。