一般来说，支付的运输费是否含税费用需要根据运输合同进行确认。在大多数情况下，支付的运输费不包含税费，而具体的税费负担则由发货方承担。此外，运输费的含税税率可以根据发货方所在地的税率进行变更。因此，一般情况下支付的运输费是不包含税费的。
在进行运输费用支付时，除了支付运输费用之外，还需要注意其他费用的存在。这些费用包括港口费用、中转费用、报关费用、通关费用以及装卸费用等。同样地，这些费用的产生也由发货方承担。因此，在运输合同中应包含所有的费用条款，以确保双方在支付运输费用时都按照合同规定的费用进行支付。
总之，支付的运输费是否含税费用需要根据具体情况进行确认。通常情况下，支付的运输费不包含税费，并且发货方需承担其他相关费用。为了确保双方权益，运输合同中应明确列出所有费用条款。