深圳卓宝不上市的原因分析如下：
一、历史遗留问题影响上市进程
卓宝在注册设立阶段存在瑕疵。在变更为股份有限公司的过程中，未能严格按照当时的法规进行验资，导致注册环节出现历史遗留问题。这一问题不仅影响了卓宝的上市计划，还可能对公司的日常运营带来潜在风险。
二、关联交易的非关联化趋势引发关注
卓宝在经营过程中出现了关联交易的非关联化趋势。其原控股子公司深圳工程和北京工程因涉及工程质量纠纷及施工责任事故，被相关方起诉并经过法院判决需承担责任。这种趋势对于拟上市公司而言是一个重要的负面因素，可能影响到投资者的信心和市场对公司的信任度。
三、生产经营中的合规性问题亟待解决
卓宝在生产经营方面存在不合规的问题，对照《首次公开发行股票并在创业板上市管理暂行办法》第四条规定，部分环节未能达到上市标准。尤其在质量控制、安全生产等方面，可能存在较大的改进空间。这些问题的存在直接影响了卓宝在资本市场的表现，阻碍了其上市进程。
四、未来展望与改进措施
针对上述问题，卓宝需要采取切实有效的措施进行改进。首先，针对历史遗留问题，应积极与相关方沟通，寻求合法合规的解决方案。其次，对于关联交易的非关联化问题，应优化公司治理结构，规范关联交易行为。最后，在生产经营方面，应强化合规意识，严格按照相关法律法规进行运营，确保符合上市标准。
总之，卓宝在上市道路上面临多方面的挑战，需要公司高层及全体员工共同努力，加强内部管理和外部沟通，逐步解决相关问题，为未来的上市之路扫清障碍。