工程款计入的会计科目主要有借方和贷方两种。在借方会计科目中，主要是指应收账款-工程款。当工程款支付给客户后，借方应收账款减少，而贷方现金增加。
贷方会计科目一般指支付工程款。在记账时，根据支付的内容来判断贷方的科目。例如，如果支付的是建筑工程的支出，则贷方科目为建筑工程成本；如果是机械设备的支出，贷方科目则为机械设备支出。
此外，在工程款记账中还应考虑是否存在抵扣税种。如果存在抵扣税种，则应在会计科目中增加应交税费-进项税额这样的科目。借方应增加现金的金额，而贷方应增加应交税费-进项税额的金额。这样做有助于分析和统计税种的抵扣情况。