查询发票号码的方式主要有两种。首先，可以通过财务系统进行查询。在财务系统中输入相关信息，一般可以获取到发票号码以及发票金额等详细信息。其次，也可以通过电脑应用软件来查询发票号码。下载一个发票扫描打印机软件，将发票的二维码扫描进去，软件就可以读取并显示出发票号码和金额等信息。
除此之外，税务系统也可以用来核对发票号码，验证发票的真伪以及各项信息的准确性。同时，企业还可以自建发票管理系统，以方便日后的发票查询和管理。
然而，发票号码的重复使用可能会带来一系列问题。一方面，重复使用的发票号码可能导致发票造假，对发票的内容进行不实申报。另一方面，这也可能严重影响财务账目的准确性，从而对企业的正常经营产生负面影响。因此，企业在处理发票时，应尽量避免发票号码的重复使用，确保每张发票的号码都是唯一的，以保障其真实性和准确性，避免因发票问题而引发的各种风险。