员工个税由公司直接代付账务处理时，需要进行以下会计分录：
1. 借：应交税费-个人所得税。 2. 贷：银行存款。
在发放工资的时候，需要同时处理单位社保费、单位公积金和个人公积金、个人社保费以及个人所得税的账务。具体的会计分录如下：
1. 借：应付职工薪酬—单位社保费等。 2. 借：应付职工薪酬—单位公积金。 3. 借：其他应收款—个人公积金。 4. 借：其他应收款—个人社保费。 5. 借：应交税费—个人所得税。 6. 贷：银行存款。
以上是关于员工个税由公司直接代付账务处理及发放工资时的会计分录。这些分录可以帮助企业准确记录和核算相关款项，确保账务的准确性和合规性。