当公司租入商务车时，需要对支付的租金进行账务处理。具体的会计分录如下：
1. 借：管理费用 这一科目用于记录公司发生的各种管理费用，包括租赁商务车的租金支出。因此，将租金支出记入借方核算。
2. 应交税费—应交增值税（进项税额） 这一科目用于记录公司应缴纳的增值税。在租赁商务车的过程中，公司可以抵扣进项税额。因此，将进项税额记入借方核算。
3. 贷：银行存款等科目 这一科目用于记录公司的资产和负债情况。由于支付租金会导致公司的货币资金减少，因此将货币资金减少记入贷方核算。
通过以上分录，可以看出单位发生的租入商务车的租金支出会同时导致费用增加和货币资金减少。费用增加计入借方核算，而货币资金减少计入贷方核算。这样的账务处理有助于准确反映公司的财务状况和经营活动。