员工自行购买车辆并将其用于公司运营，这种行为实质上是私车公用，属于财产租赁所得的一种形式。根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》的规定，财产租赁所得是指个人出租建筑物、土地使用权、机器设备、车船以及其他财产所获取的收入。
在这种情况下，该员工将自有车辆出租给任职单位使用，所获得的收入应被视为财产租赁所得，并按照相关规定缴纳个人所得税。需要注意的是，在进行私车公用时，有些与车辆相关的费用是无法在税前扣除的，例如车辆的保险费用。然而，与经营有关的费用是可以扣除的，例如出差时的加油费和汽车过路费等。
因此，对于员工自己购买车辆并将其用于公司运营的情况，我们需要明确了解相关法律规定，并合理处理与车辆相关的费用，以确保符合税收政策的要求。同时，公司也应加强对私车公用行为的管理和监督，确保合规操作，避免可能的法律风险。