即使企业丢失了进项税专用发票，仍然有几种方式可以抵扣税款。首先，如果企业丢失了增值税专票的发票联，他们可以使用抵扣联作为抵扣凭证或退税凭证，并且可以将其用作记账凭证。其次，如果丢失的是抵扣联，企业可以使用发票联的复印件进行抵扣或退税，而发票联的原件则可以用作记账凭证。最后，如果企业同时丢失了发票联和抵扣联，他们可以凭销售方盖有销售方专用章的发票记账联复印件作为进项税的抵扣、退税和记账凭证。
根据《国家税务总局关于公布取消一批税务证明事项以及废止和修改部分规章规范性文件的决定》（国家税务总局令第48号）附件1《取消的税务证明事项目录》第一项，纳税人不再需要提交相关证明材料，也不再需要进行登报要求。这意味着纳税人在处理税务事务时将更加便捷和高效。
总之，即使企业丢失了进项税专用发票，他们仍然有多种方式可以进行抵扣和退税操作。这些方式包括使用抵扣联作为凭证、使用发票联的复印件以及凭销售方盖有专用章的发票记账联复印件。此外，根据最新的税务规定，纳税人不再需要提交相关证明材料，也不需要登报要求，这将为纳税人提供更加便利的服务。