专项应付款科目核算企业取得政府作为企业所有者投入的具有专项或特定用途的款项。如果没有专项用途或特定用途，则计入营业外收入或企业会计准则其他收益。
专项应付款是企业接受国家拨入的具有专门用途的款项所形成的不需要以资产或增加其他负债偿还的负债。它包括新产品试制费拨款、中间试验费拨款和重要科学研究补助费拨款等科技三项拨款等。
如果计入专项应付款，以下是一些常见的会计分录：
1. 收到资本性拨款： 借：银行存款 贷：专项应付款
2. 将专项或特定用途的拨款用于工程项目： 借：在建工程等 贷：银行存款、应付职工薪酬等
3. 工程项目完工形成长期资产的部分： 借：专项应付款 贷：资本公积—其他资本公积
4. 未形成长期资产需要核销的部分： 借：专项应付款 贷：在建工程等
5. 拨款结余需要返还的： 借：专项应付款 贷：银行存款
6. 项目完工拨款结余不需上交原拨款部门的款项部分： 借：专项应付款 贷：资本公积—其他资本公积
这些会计分录反映了企业在处理专项应付款时的常见情况。通过正确记录这些交易，企业可以准确反映其财务状况和资金流动情况。