公司员工个人所得税年度汇算的步骤如下：
首先，我们需要授权给财务人员权限。已经进行过实名办税的财务人员无需再次授权。
其次，财务人员需要登录自然人电子税务局网页版进行集中申报。具体操作流程如下：
1. 经授权的财务人员登录【自然人电子税务局（网页版）】，选择对应汇缴的单位。可以输入该单位的省、市和税号来搜索，然后点击【立即申报】。需要注意的是，集中办理汇缴不支持逾期办理。扣缴义务人为纳税人办理汇算清缴，应在6月30日前代为填报相关表单以及办理后续的补退税等相关事项。
2. 报表填写报送—可直接添加或用模板导入，核对数据无误后点击【报送】。
3. 退税申请—退税状态为【待退税】和【放弃退税】的可以提交退税申请。
4. 税款缴纳—申报表报送成功后，存在欠税的，可点击【税款缴纳】办理缴税业务。
5. 申报查询—点击【申报记录查询】可查询已申报数据。
补充说明：发放的福利是否征个税？
根据个人所得税法的规定，对于发给个人的福利，不论是现金还是实物，均应缴纳个人所得税。但目前对于集体享受的、不可分割的、非现金方式的福利，原则上不征收个人所得税。