开票人设置的方式如下：
1. 首先，进入增值税发票开票软件（税务Ukey版）的用户登录界面。在这里，用户名称应选择“管理员”，然后分别输入“用户密码”及“证书密码”，最后单击“登录”。
2. 接下来，点击“系统维护”-“系统维护首页”-“操作员管理”。
3. 在弹出的界面中，点击“操作身份管理”-“新增身份”。
4. 将身份设定为“管理员”，并确保账号状态选择为“可用”。完成后，点击“保存”-“确认”。
5. 然后，点击“管理员”行的“权限分配”。
6. 在弹出的界面中，勾选除“操作员管理”外的所有权限，然后点击“确定”-“确认”。
7. 接着，点击“操作员账号管理”-“新增操作员”。
8. 在新的界面中，设置“账号”为该管理员的名字，身份选择为“管理员”，然后点击“保存”-“确认”即可完成设置。
补充说明：关于通行费发票是否需要勾选的问题。根据《交通运输部 国家税务总局关于收费公路通行费增值税电子普通发票开具等有关事项的公告》（交通运输部公告2017年第66号）第四条第（一）项规定，增值税一般纳税人取得符合规定的通行费电子发票后，应当自开具之日起360日内登录本省（区、市）增值税发票选择确认平台查询、选择用于申报抵扣的通行费电子发票信息。因此，通行费发票是需要勾选的。