建筑单位农民工的工资按现在的规定应该是由总包进行发放的。依据如下：
《保障农民工工资支付条例》(国务院令第724号)第三十一条规定：工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。分包单位应当按月考核农民工工作量并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后，与当月工程进度等情况一并交施工总承包单位。施工总承包单位根据分包单位编制的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证。
补充：总包发工资是否个税也需要由总包申报。
这个是由分包进行申报个税的，《国家税务总局关于个人所得税偷税案件查处中有关问题的补充通知》(国税函〔1996〕602号)将扣缴义务人认定标准明确为：“凡税务机关认定对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。”在这个政策的分析中，我们可以判断，分包才是真正的发工资的决定者，所以是分包进行申报个税的。