企业缴纳水利建设基金时，会计处理上一般将其计入“税金及附加”科目。具体的会计分录操作如下：
首先，当企业进行计提税金时，应借记“税金及附加—地方水利建设基金”，贷记“应交税费—地方水利建设基金”。
其次，当企业实际缴纳税金时，应借记“应交税费—地方水利建设基金”，贷记“银行存款”。
补充说明一下，水利基金是指用于水利建设的专项资金，它由中央水利建设基金和地方水利建设基金两部分组成。其中，中央水利建设基金主要用于维护和建设关系国民经济和社会发展全局的大江大河重点工程。而地方水利建设基金则主要用于城市防洪、中小河流和湖泊的治理、维护和建设。
通过这样的会计处理，企业能够准确地记录和管理其缴纳的水利建设基金，为水利建设提供必要的财务支持。同时，这也有助于企业遵守相关法律法规，履行社会责任，促进水资源的合理利用和保护。