保理支付工程款的利弊主要体现在以下几个方面：
首先，施工单位在建设单位逾期支付工程款时，有权停工。这是施工单位为了保护自己的利益而采取的一种措施。
其次，根据民法典及示范文本相关约定，在建设单位逾期支付工程款时，施工单位拥有单方解约权。但是若施工单位将应收账款办理保理，也就意味着建设单位不再欠付施工单位工程款，施工单位也就丧失了单方解约权。
此外，当施工单位对建设单位的应收账款办理保理后，丧失因建设单位逾期支付工程款的停工权与解约权，这也就意味着施工单位不能因建设单位逾期支付工程款要求工期延长。
《建工司法解释一》第41条规定：“承包人应当在合理期限内行使建设工程价款优先受偿权，但最长不得超过十八个月，自发包人应当给付建设工程价款之扫起算。” 这意味着施工单位在特定情况下可以优先获得建设单位应支付的工程款。
然而，对于施工单位而言，工程款回收无疑是最为核心的内容。在建设单位已经存在严重的资信风险的情况下，一旦施工单位丧失停工权和解约权，就只能继续施工，但风险也由此累积。一旦保理到期建设单位没有支付保理价款，施工单位将被迫支付。此时，由于建设单位缺乏偿债能力，甚至其主要资产已经被抵押查封，施工单位又失去优先受偿权，工程款将面临无法回收的重大风险。
此外，在实际操作中，保理融资成本损失也存在两种情况：一种情况是本应由建设单位承担融资成本，但施工单位与建设单位未约定清楚，在建设单位不承认的情形下，施工单位就需自行承担，从而导致保理融资成本损失；另一种情况是建设单位承诺由其承担保理融资成本，但若保理到期后，建设单位无力支付，施工单位就只能自行承担，从而导致保理融资成本损失。