在处理个人所得税问题时，如果一个人在两个公司领取工资，那么这两个公司都需要进行个税的申报。但是，需要注意的是，扣除的社保和公积金只能在一家公司作为专项扣除，另一家公司不能再扣除了。到了第二年，个人需要对两处取得的收入进行综合所得的汇算清缴工作，并进行多退少补。
这一规定的主要依据是《国家税务总局关于发布《个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）》的公告》（国家税务总局公告2018年第60号）第四条。该条规定，如果纳税人同时有两个以上发放工资的单位，对同一个专项附加扣除项目，在一个纳税年度内，只能选择其中一个单位办理扣除。
那么，什么是个税的汇算清缴呢？个税汇算清缴主要是指上年度个人所得税清算的过程。目前，我国的个人所得税法将工资薪金所得、劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得合并为“综合所得”。对于个人取得的综合所得，需要在次年的3月1日至6月30日内办理汇算清缴。
个人所得税采用分月、分季形式进行个税的预缴。一般按纳税人本季度的课税依据计算应纳税款，与全年决算的课税依据往往很难完全一致。因此，在年度终了后，必须依据纳税人的财务决算进行汇总计算，清缴税款，并对已预交的税款实行多退少补。