公司代扣个税的会计分录如下：
1. 计提工资：借：管理费用—工资，贷：应付职工薪酬—工资。 2. 发放工资：借：应付职工薪酬—工资，贷：银行存款，其他应付款—个人社保，应交税费—个人所得税。 3. 缴个税时：借：应交税费—个人所得税，贷：银行存款。 4. 社保计提：借：管理费用—社保单位，贷：应付职工薪酬—社保单位。 5. 缴社保时：借：应付职工薪酬—社保单位，其他应付款—个人社保，贷：银行存款。
补充：申报个税是否包括个人社保部分？申报个税是包括个人社保部分的，原因可以根据上面的分录进行分析。计提工资假如是10000，代扣的社保是1000，那实际发给员工的工资只是9000元。其中代扣一的个人社保1000元也是属于工资性质的，只是企业做为代扣代缴社保的义务人，在发工资的时候从工资中扣出来了。所以这个1000元个人社保部分也是申报个税的工资里面的。我们在进行个税申报时，应该按应付的计提工资进行申报，而不是实发工资。这里是包括个人的社保部分的。