企业初次购买增值税税控系统专用设备支付的费用以及缴纳的技术维护费允许在增值税应纳税额中全额抵减的。按规定抵减的增值税应纳税额，借记“应交税费—应交增值税（减免税款）”科目（小规模纳税人应借记“应交税费—应交增值税”科目），贷记“管理费用”等科目。
一般纳税人和小规模纳税人的处理方式不同。一般纳税人需要借记“应交税费—应交增值税（减免税款）”，贷记“管理费用”。而小规模纳税人则需要借记“应交税费—应交增值税”，贷记“管理费用”。
此外，电子发票的认证流程与纸质发票相同。首先，在电脑浏览器中搜索“发票综合服务平台”，找到官方入口；同时将税控盘的一端用数据线连接到电脑。其次，打开“发票综合服务平台”，输入登录密码，进入界面。找到“抵扣勾选”模块，选择它底下的子模块“发票抵扣勾选”。勾选发票类型为“电子专用发票”，选择开票日期后，点击查询。查询到发票信息后，勾选提交。弹出勾选认证信息，核对信息无误后点击确定。如果当前税款属期还未生成统计报表，您可点击“申请统计”按钮进行统计。确认统计统计完成后，需对统计表进行确认，方可进行当期的抵扣申报工作，点击“确认”按钮后，系统会弹出提示信息对话框，“是否确认，确认后当前统计报表将作为申报的依据”，点击提示信息对话框中“确定”按钮。