企业发行股票时，手续费的支付主要有两种处理方式：
1. 当股票以溢价发行时，手续费应从溢价中扣除，并冲减资本公积（股本溢价）。 2. 如果股票是无溢价发行或溢价金额不足以抵扣手续费，那么不足的部分应冲减盈余公积和未分配利润。
此外，关于企业发行的中期票据、短期融资券和私募债是否需要缴纳印花税的问题，答案是不需要。根据《印花税暂行条例施行细则》第十条规定，印花税仅对税目税率表中列举的凭证和经财政部确定征税的其他凭证征税。而在《印花税税目税率表》中，借款合同是按借款金额万分之零点五贴花。但企业发行的中期票据、短期融资券和私募债并不属于印花税应税凭证，因此不需要缴纳印花税。