批发部会计的账务处理应该以流通性质的账务处理进行。具体操作如下：
首先，对于一般纳税人的账务处理，当购买库存时，借：库存商品、应交税费—应交增值税（进项税额），贷：银行存款。而销售商品时，借：银行存款，贷：主营业务收入、应交税费—应交增值税（销项税额）。同时结转销售成本，借：主营业务成本，贷：库存商品。
接下来，在月末结相关收入和成本时，借：主营业务收入，贷：本年利润。然后，借：本年利润，贷：主营业务成本。如果月底进项大于销项，可以不做分录。
然而，如果月底销项大于进项，说明需要缴税。此时，应做以下结转分录：借：应交税费—应交增值税（转出未交增值税），贷：应交税费—未交增值税。次月税款缴纳时，借：应交税费—未交增值税，贷：银行存款。
通过以上操作，批发部会计可以有效地处理其账务，确保财务数据的准确性和合规性。