企业扶贫资金支出的核算方法主要有两种，一种是用于外部人员或工程，另一种是用于企业内部人员。对于前者，应当设置“营业外支出”借方科目或“在建工程”等借方科目，同时设置“银行存款”贷方科目进行核算。具体来说，借记营业外支出或在建工程等科目，贷记银行存款。
对于后者，扶贫资金支出用于企业内部人员时，应当设置“营业外支出”借方科目、“应付职工薪酬”科目以及“银行存款”贷方科目进行核算。具体来说，借记营业外支出，贷记应付职工薪酬—员工福利费。然后，再借记应付职工薪酬—员工福利费，贷记银行存款。
这两种核算方法的主要区别在于，前者是将资金直接支付给外部人员或工程，而后者则是将资金作为员工福利支付给内部人员。因此，企业在进行扶贫资金支出的核算时，需要根据资金的使用情况选择适合的核算方法。