开银行承兑汇票的保证金应该通过其他应收款—保证金这个二级科目进行核算。具体操作如下：
1. 支付保证金时，借：其他应收款—保证金，贷：银行存款。 2. 之后收回保证金时，借：银行存款，贷：其他应收款—保证金。
以上是开银行承兑汇票的保证金核算方法。