专项款项在工程项目中的使用，需要根据其实际用途来确定相应的会计分录。例如，当这些款项被用于购买项目所需的材料时，会计分录应如下：
借：原材料 贷：银行存款—XX专用款项等
这是因为，专项款项首先被记入原材料账户，表示公司已经拥有了这些材料。然后，这些款项从公司的银行存款中扣除，并标记为专用于该项目的款项。
然而，当这些原材料在实际工程项目中被领用时，会计分录应进行调整。此时，应做如下会计分录：
借：工程施工—合同成本—材料费 贷：原材料
这是因为，原材料已经被实际用于工程项目，因此，它们的价值应从原材料账户转移到工程施工—合同成本—材料费账户。这样，可以准确地反映出公司在工程项目中的投入和成本。
总的来说，专项款项在工程项目中的使用和记账，需要根据其实际用途和状态进行相应的调整。只有这样，才能确保会计记录的准确性，从而更好地反映公司的财务状况。