当公司为农民工缴纳保证金时，这笔支付的保证金会计入其他应收款进行核算。其他应收款是指企业除了应收账款、应收票据和预付账款之外发生的各种应收、暂付款项。
具体来说，这笔保证金的会计分录如下：
1. 借：其他应收款—保证金 2. 贷：银行存款
这样的处理方式可以确保保证金的记录准确无误，并与其他应收款项目分开核算。同时，通过将保证金计入其他应收款，可以更好地追踪和管理这些款项。
在其他应收款中，保证金属于一种临时性的款项，通常用于保障农民工的工资支付或其他相关事项。因此，将保证金计入其他应收款是符合会计准则的做法。
需要注意的是，保证金的金额应该根据实际支付的金额进行核算，并且在保证金退还时，也需要及时进行相应的会计处理。
总之，公司缴纳农民工保证金时，将其计入其他应收款进行核算是一种合理且规范的做法，有助于提高财务管理的准确性和透明度。