当企业购买免税农产品并获取增值税专用发票时，其进项税额可以进行抵扣。这涉及到的进项税额应通过“应交税费—应交增值税（进项税额）”科目进行核算。具体的会计分录如下：
首先，借方需要记账原材料（或库存商品等科目），以及应交税费—应交增值税（进项税额）。这两个科目分别代表了企业购入的农产品和对应的进项税额。
其次，贷方需要记账应付账款—公司名称。这个科目代表了企业需要支付给供应商的款项。
最后，当企业支付免税农产品的款项时，会计分录如下：
借：应付账款—公司名称 贷：银行存款
这两个科目分别代表了企业需要支付的款项和实际支付的方式。
以上就是企业购入免税农产品并进行进项税额抵扣的会计处理过程。这个过程涉及到了多个科目的记账，包括原材料、库存商品、应交税费—应交增值税（进项税额）、应付账款和银行存款等。每一步都需要准确无误地记录，以确保企业的财务信息的准确性和完整性。