年终奖的个人所得税应由员工自行承担，而非由公司代缴。若公司坚持承担这部分税款，那么应增加员工的收入，以确保员工在扣除个人应负担的税款后，仍能获得相应的奖金。
具体的会计分录如下：首先，将年终奖计入管理费用，即借记“管理费用—年终奖”，贷记“应付职工薪酬—年终奖”。其次，当实际支付年终奖时，借记“应付职工薪酬—年终奖”，贷记“银行存款”，并同时借记“应交税费—应交个人所得税”，贷记“银行存款”。最后，将应交的个人所得税从银行账户中扣除，即借记“应交税费—应交个人所得税”，贷记“银行存款”。
以上操作旨在确保公司在承担年终奖的同时，也能合理处理相关的个人所得税问题。这样既能保障员工的权益，又能遵守相关的税收法规，实现公平合理的税收分配。