医院会计科目的内容主要可以分为资产类、负债类、基金类和收支类。
首先，资产类科目是反映医院全部资产状况的总账科目。根据资金的流动性强弱，资产类科目又可以进一步分为现金、银行存款、其他货币资金、应收票据、应收在院病人医药费、医疗应收款、其他应收款、坏账准备、库存物资、在加工材料、长期投资、固定资产、累计折旧、固定资产清理、在建工程、无形资产以及待处理财产损益等。
其次，负债类科目是反映医院全部负债状况的总账科目。根据不同的债权人和债务类型，负债类科目可以分为医疗预收款、应付票据、应付账款、其他应付款、应付工资、应付福利费、应付社会保障金、应交药品收入、预提费用、长期应付款等。
再次，基金类科目是反映医院全部基金状况的总账科目。根据基金的用途，基金类科目可以分为事业基金、专项基金、待冲基金、收付结余以及结余分配等。
最后，收支类科目是反映医院全部收入和费用支出状况的总账科目。根据收入的来源和支出和去向，收支类科目可以分为医疗收入、医疗业务成本、其他收入、其他支出、财政补助收入、财政补助支出、科教项目收入、科教项目支出、管理费用以及投资收益等。