企业在存货采购过程中可能会遇到存货短缺的情况。这种情况可能是由于供货单位少发、运输途中合理损耗以及运输部门原因造成的，导致到货数量小于发票数量。当存货短缺是由于计量收发差错等原因造成时，企业应先扣除残料价值、可以收回的保险赔偿和过失人赔偿，然后将净损失计入管理费用。
存货短缺的账务处理需要经过审批前和审批后两个阶段。在审批前，企业的会计分录为：借待处理财产损溢，贷原材料，贷应交税费—应交增值税(进项税额转出)。在审批后，根据具体情况进行不同的账务处理。
如果存货短缺属于正常损耗、管理不善引起的一般损失以及扣除应计入其他科目后的净损失，企业的会计分录为：借管理费用，贷待处理财产损益，贷应交税费—应交增值税(进项税额转出)。
如果存货短缺是由责任人、保险公司赔偿的部分，企业的会计分录为：借其他应收款，贷待处理财产损益。
如果存货短缺是由于自然灾害、不可抗力因素等引起的非常损失，企业的会计分录为：借营业外支出—非常损失，贷待处理财产损溢。
最后，如果存在残料入库的情况，企业的会计分录为：借原材料，贷待处理财产损溢。