税制结构是指由主体税特征所决定的税制类型。我国目前的税制结构与许多低收入国家类似，以流转税为主体。流转税包括间接税和直接税。间接税如消费税、增值税、关税等，其税负最终由消费者承担。直接税则无法转嫁，纳税人需自行负担，例如所得税、土地使用税、房产税等。
在税制结构模式中，商品和劳务税为主体的税制结构模式又称为以间接税为主的税制结构模式。这种模式可以分为两种：一种是对全部商品和劳务实行普遍征税，另一种是对部分商品和劳务选择性征税。前者具有普遍征收、收入稳定、调节中性等特点；后者则具有特殊调节作用。
另一种税制结构模式是以所得税为主体，也称为以直接税为主的税制结构模型。这种模式可以进一步分为三种类型：个人所得税为主体、企业所得税为主体和社会保障税为主体。个人所得税通常用于经济较发达、个人收入水平较高且收入差异较大的国家；企业所得税则适用于经济较发达且实行公有制经济的国家；社会保障税主要用于实现社会福利经济政策的福利国家。
最后，商品劳务税和所得税双主体的税制结构模式在整个税制体系中占有相近比重，共同起到主导作用。这种模式通常是一种过渡性税制结构模式，最终会被其中一种主体税取代其双主体地位。