在会计处理上，合理损耗与非合理损耗对存货的入账价值和单位成本有着不同的影响。
首先，合理损耗并不影响存货的入账价值，只影响存货的单位成本。例如，企业购进100公斤某商品，实际到货98公斤，合理损耗2公斤。在这种情况下，只需要调整单位入库成本。其分录为：
借：原材料
应交税金—应交增值税（进项税额）
贷：应付账款等
其次，对于非合理损耗材料，尚待查明原因的暂作为待处理财产损溢进行核算。其分录为：
借：待处理财产损溢
贷：原材料等
应交税费—应交增值税（进项税额转出）
通过以上分析，我们可以看出合理损耗与非合理损耗在会计处理上的巋异。合理损耗只影响单位成本，而非合理损耗则需要进行待处理财产损溢的核算。因此，在进行会计处理时，企业需要根据实际情况准确判断损耗类型，并采取相应的会计处理方法。