一般情况下，民间非营利组织的会费收入被视为非限定性收入，除非资产提供者对资产使用设置了限制。对于免增值税的处理，应按照收取的全部金额计入会计核算。
在核算会费收入时，民间非营利组织需要设置“会费收入”科目，并同时设立“限定性收入”和“非限定性收入”两个明细科目。如果存在多种会费，可以根据会费种类（如团体会费、个人会费等）设置明细账，进行详细的核算。
当向会员收取会费并满足交换交易收入确认条件时，借方应记入“库存现金”、“银行存款”、“应收账款”等科目，贷方则记入“会费收入-非限定性收入”明细科目。若存在限定性会费收入，应贷记“会费收入-限定性收入”明细科目。
期末，将本科目的余额转入净资产。具体操作为：借方记入“会费收入-非限定性收入”明细科目，贷方记入“非限定性净资产”科目；或者借方记入“会费收入-限定性收入”明细科目，贷方记入“限定性净资产”科目。
经过期末结转后，本科目应无余额。