公司对优秀员工进行股权激励，需要依法扣缴个人所得税。个人因任职、受雇从上市公司取得的股票增值权所得和限制性股票所得，由上市公司或其境内机构按照“工资、薪金所得项目”和股票期权所得个人所得税计税方法进行扣缴。
计算股权激励所得的个人所得税应纳税额时，个人取得的上市公司股权激励所得属于工资薪金所得。在2021年12月31日前，个人取得上市公司股权激励所得不并入当年综合所得，全额单独适用综合所得税率表进行计算纳税。计算公式为：应纳税额=股权激励收入×适用税率-速算扣除数。如果居民个人一个纳税年度内取得两次以上(含两次)股权激励的，应合并计算纳税。
对于股权激励如何计算扣除的问题，上市公司可以按照《管理办法》要求建立职工股权激励计划，并按照相关会计准则计算确定作为上市公司相关年度的成本或费用。在股权激励计划可行权后，上市公司方可根据该股票实际行权时的公允价格与当年激励对象实际行权支付价格的差额及数量，计算确定作为当年上市公司工资薪金支出进行税前扣除。
转让股权激励股权时，非上市公司授予本公司员工的股票期权、股权期权、限制性股票和股权奖励符合规定条件的可以实行递延纳税政策。即员工在取得股权激励时暂不纳税，递延至转让该股权时纳税；股权转让时按照股权转让收入减除股权取得成本以及合理税费后的差额，适用“财产转让所得”项目，按照20%的税率计算缴纳个人所得税。
享受递延纳税政策的非上市公司股权激励需要满足一定条件，如属于境内居民企业的股权激励计划且经公司董事会、股东（大）会审议通过等。如果不符合递延纳税条件，个人应在取得非上市公司股权激励时参照上市公司股权激励政策执行。