当存货的成本超过其可变现净值时，企业需要采取相应的会计处理。首先，企业应当根据存货可变现净值与成本之间的差额进行计提。具体来说，借方科目为资产减值损失-计提的存货跌价准备科目，贷方科目为存货跌价准备科目。
其次，如果存货的价值恢复增加，企业可以转回已计提的存货跌价准备金额。此时，借方科目为存货跌价准备科目，贷方科目为资产减值损失-计提的存货跌价准备科目。
通过以上的会计处理，企业能够准确地反映存货的实际价值和风险，并及时调整资产负债表上的相关项目。这样做有助于提高企业的财务透明度和准确性，为投资者提供更准确的信息。同时，这也能够帮助企业更好地管理存货，避免因存货价值下降而造成的损失。
总之，当存货成本高于其可变现净值时，企业应当按照存货可变现净值低于成本的差额进行计提，并及时转回已计提的存货跌价准备金额。这样的会计处理方法有助于企业准确反映存货价值和风险，提高财务透明度和准确性。