当发票丢失时，处理方式会有所不同。首先，如果丢失的是空白发票，应当在发现丢失当日书面报告税务机关，并在辖区内地级市报刊上登报声明作废。然后填写《发票挂失损毁报告表》，持税控设备到国税主管机关或自行办理电子发票退回或作废手续。
对于已开具的增值税专用发票，如果一般纳税人丢失了发票联和抵扣联，且在丢失前已认证相符的，购买方可以凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。此外，专用发票记账联复印件和《证明单》需要留存备查。
如果一般纳税人丢失了已开具专用发票的抵扣联，且在丢失前已认证相符的，可以使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可以使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。此外，如果一般纳税人丢失了已开具专用发票的记账联，可以将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
对于已开具的普通发票，如果丢失了发票联，使用发票的单位和个人应在发票丢失当日在市州级以上党政报刊杂志上刊登遗失声明，并向主管税务机关提交已登报声明作废的证明材料。受票方需要用存根联入账作为税前扣除凭证的，必须取得开票方注明“此件是我单位提供，与原件相符”并加盖公章的存根联复印件，与发票丢失登报声明一并作为原始凭证。如果纳税人丢失了普通发票的全部联次，应按丢失空白普通发票的处理方式进行处理，并进行登报申明。