自然人股东在从公司撤资并获取资金时，需要按照税法规定缴纳个人所得税。根据税法规定，取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金以及其他名目收回的款项等都被视为个人应税收入，需要按照“财产转让收入”类别缴纳个税。
具体计算个人所得税的方法如下：首先，将个人取得的股权转让收入、补偿金、赔偿金及其他名目收回的款项合计数减去原实际出资额（投入额）和相关税费。然后，将所得结果乘以20%，即可得到应纳的个人所得税金额。
需要注意的是，个人所得税的计算是基于个人取得的股权转让收入和其他相关款项的总和。这意味着，如果股东在撤资过程中获得了违约金或赔偿金等额外款项，这些款项也需要计入应税收入中。
此外，个人所得税的税率为20%。这是根据税法规定的财产转让收入类别所确定的税率。因此，在计算个人所得税时，需要将个人取得的股权转让收入和其他相关款项合计数乘以20%来确定应纳的个人所得税金额。
总之，自然人股东在从公司撤资并获取资金时，需要按照税法规定缴纳个人所得税。个人所得税的计算方法是基于个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及其他名目收回的款项合计数减去原实际出资额和相关税费，再乘以20%的税率。这一规定旨在确保股东在撤资过程中按照法律规定缴纳相应的税款。