独立核算的企业，如果其财务制度健全并能够准确核算收入、成本和费用，税务机关在认定后，可以采用查账方式征收企业所得税。
首先，企业需要按照月或季申报预缴企业所得税。这意味着企业每月或每季度都需要向税务机关报告其财务状况，并缴纳相应的税款。这种预缴税款的方式有助于企业及时了解自身的财务状况，并为未来的税务处理做好准备。
其次，企业在年终后的5个月内需要进行汇算清缴。这意味着企业在年底结束后的5个月内，需要对全年的财务状况进行汇总和核对，并根据实际情况缴纳所得税。汇算清缴的目的是确保企业全年的所得税计算准确无误，避免出现漏报或多报的情况。
最后，查账征收企业所得税的计算公式为：本月（季度）应纳企业所得税=本年累计利润*25%-本年度以前月（季度）已纳所得税。这个公式是根据企业的本年累计利润来计算应纳所得税的金额。其中，本年累计利润是指企业在本年内所获得的总收入减去总成本和总费用后的余额。根据公式，企业需要将本年累计利润乘以25%，再减去本年度以前已经缴纳的所得税，即可得到本月（季度）应纳的所得税金额。
总之，独立核算的企业如果财务制度健全，能够准确核算收入、成本和费用，税务机关认定后可以采取查账方式征收企业所得税。企业需要按月或季申报预缴，并在年终后的5个月内进行汇算清缴。通过查账征收的方式，企业可以根据本年累计利润来计算应纳所得税的金额，确保税务处理的准确性和合规性。