当员工迟到时，企业需要扣除相应的工资。对于这笔扣款，会计分录的处理方式是按照扣除迟到工资后的金额计提工资。
首先，我们需要借记管理费用-工资。这是因为迟到扣款属于企业的管理费用之一，与工资相关。
其次，我们需要贷记应付职工薪酬-工资。这是因为迟到扣款是企业对员工的薪酬进行的一种调整，所以需要将其记录在应付职工薪酬的账户中。
应付职工薪酬是指企业为获得职工提供的服务或解除劳动关系而给予的各种形式的报酬或补偿。它包括短期薪酬、离职后福利、辞退福利和其他长期职工福利。这些福利不仅包括直接支付给员工的工资，还包括提供给职工配偶、子女、受赡养人、已故员工遗属及其他受益人等的福利。
因此，在处理员工迟到扣款的会计分录时，我们需要考虑应付职工薪酬的完整性和准确性。只有这样，才能确保企业的财务状况得到正确反映，并遵守相关的会计准则和法规。