专项财务报告是对公司财务问题的专题详细深入报告，而专项审计报告则是注册会计师根据中国注册会计师审计准则的规定，在实施审计工作的基础上对被审计单位的某一项目款项的财务报表发表审计意见的书面文件。
专项财务报告通常针对公司财务问题进行深入研究和分析，以便为管理层提供有关公司财务状况和经营情况的详细信息。这些报告可能包括公司的资产负债表、利润表、现金流量表等财务报表，以及对这些报表的解释和分析。此外，专项财务报告还可能包括对公司未来发展趋势的预测和建议。
与此不同，专项审计报告是由注册会计师根据中国注册会计师审计准则的规定，在实施审计工作的基础上对被审计单位的某一项目款项的财务报表发表审计意见的书面文件。这些报告通常包括对被审计单位财务报表真实性和公允性的评估，以及对被审计单位内部控制制度有效性的评价。
总之，专项财务报告和专项审计报告都是对公司财务状况进行深入研究和分析的重要工具，但它们侧重点不同。专项财务报告主要关注公司财务状况和经营情况，而专项审计报告则主要关注被审计单位财务报表的真实性和公允性。