小规模纳税人单位在向税务局申请代开发票时，需要进行账务处理。根据相关规定，账务处理的具体步骤如下：
首先，当纳税人单位收到代开的发票时，需要借记银行存款等科目。这意味着纳税人单位的银行存款账户将增加相应的金额，以反映其收入的增加。
其次，纳税人单位需要贷记主营业务收入。这是因为代开的发票代表了纳税人单位的主要业务活动所产生的收入。通过贷记主营业务收入，纳税人单位的财务报表将反映出该收入的增加。
最后，纳税人单位需要贷记应交税费—应交增值税。这是因为代开的发票所包含的增值税需要在纳税期限内缴纳给税务局。通过贷记应交税费—应交增值税，纳税人单位的财务报表将反映出该税款的增加。
另外，如果纳税人单位预缴了增值税，也需要进行相应的账务处理。具体来说，纳税人单位应当借记应交税费—应交增值税。这意味着纳税人单位的应交税费将减少相应的金额，以反映其已预缴的税款。
最后，纳税人单位需要贷记银行存款。这是因为预缴的增值税是通过银行存款支付的，通过贷记银行存款，纳税人单位的财务报表将反映出该款项的减少。
综上所述，小规模纳税人单位在申请代开发票时，需要进行账务处理，包括借记银行存款等科目、贷记主营业务收入和应交税费—应交增值税。如果预缴了增值税，还需要借记应交税费—应交增值税和贷记银行存款。这些账务处理的目的是确保纳税人单位的财务报表准确反映了其收入和税款的情况。