对于购买固定资产的企业来说，如果企业的固定资产分两次开票的话，通常有两种处理方式。
首先，一种是将收到的部分款项先计入在建工程科目中。这种方式适用于企业在购买固定资产时，由于各种原因需要分两次开票的情况。当企业收到第一次开票的发票时，可以将相应的金额记入在建工程科目中，作为固定资产的一部分。等到第二次开票的发票也收到后，再将剩余的金额转入固定资产科目中。这样，企业的固定资产就能够按照实际支付的金额进行准确的记录和核算。
另一种方式是，如果能确定固定资产的实际金额，那么可以直接将全额计入固定资产科目中。这种方式适用于企业能够准确确定固定资产的实际金额的情况。当企业购买固定资产时，如果能够确定最终支付的金额，那么可以直接将全额记入固定资产科目中。等到收到发票时，直接将发票贴入到对应的凭证中即可。
无论是采用哪种方式，企业都需要根据实际情况进行合理的选择。在处理固定资产分两次开票的情况时，企业应该根据会计准则和财务制度的要求，确保账务处理的准确性和合规性。同时，企业还应该及时更新固定资产台账，以便随时了解固定资产的实际情况和价值变动。
总之，对于购买固定资产的企业来说，如果固定资产分两次开票，可以选择将部分款项计入在建工程科目，等到全部发票收到后再转入固定资产科目，或者直接按全额计入固定资产科目，并在收到发票时进行对应凭证的贴入。企业应该根据自身情况和财务要求，合理选择处理方式，确保账务处理的准确性和合规性。