建筑施工企业在预缴税款时，需要进行会计分录处理。具体来说，可以按照以下步骤进行操作：
首先，借方需要记录应交税费中的应交增值税，即“应交税费—应交增值税—预缴税额”。这表示企业需要向税务部门缴纳的增值税金额。
其次，贷方需要记录银行存款的减少。这是因为企业需要从银行账户中划拨相应的资金用于缴纳税款。
当企业尚未对上述预缴税额进行抵扣时，可以不用再另行做别的分录进行处理。这意味着企业可以将这笔预缴税款挂在应交税费—应交增值税—预缴税额科目的借方上，以备后续实际抵扣时使用。
最后，待企业实际抵扣预缴税额时，需要再做对应的会计分录处理。具体的分录方式将根据企业的具体情况而定，例如，如果企业实际抵扣了部分预缴税款，那么就需要相应地调整应交税费和银行存款科目的金额。
综上所述，建筑施工企业在预缴税款时需要进行会计分录处理，包括借记应交税费中的应交增值税和贷记银行存款的减少。如果企业尚未抵扣预缴税额，可以将其挂在应交税费科目的借方上，待实际抵扣时再做对应分录。