事业单位在经营过程中，如果出现了亏损，应当通过以后年度的经营利润来进行弥补。这是为了保证事业单位的财务健康和稳定发展。然而，事业单位不能使用事业基金来弥补亏损。这是因为事业基金是用于支持事业单位的日常运作和发展的资金，如果用于弥补亏损，可能会对事业单位的长期发展产生不利影响。
事业基金和专用基金的使用，应当遵循收支平衡的原则。这意味着，事业单位在使用这些基金时，必须确保支出不会超出基金的规模。这是为了防止基金的过度使用，导致基金规模缩小，影响事业单位的正常运作和发展。
在年度经营中，如果事业单位连续出现超支（亏损），经过报上级单位批准同意后，可以核销部分事业基金。这种会计处理表示为借记“事业基金-一般基金”科目，贷记“结余分配-弥补超支（亏损）科目”。这样的处理方式，既能保证事业单位的财务健康，又能保证基金的合理使用。
总的来说，事业单位在经营过程中，应当注重财务管理，合理安排资金使用，避免出现亏损。如果出现亏损，应当通过合理的途径进行弥补，以保证事业单位的长期稳定发展。同时，事业单位也应当注意保护基金的安全，防止基金的过度使用，影响事业单位的正常运作和发展。