对于企业垫付的运费，应该计入到其他应收款科目进行核算。其他应收款是指企业除买入返售金融资产、应收票据、应收账款、预付账款、应收股利、应收利息、应收代位追偿款、应收分保账款、应收分保合同准备金、长期应收款等以外的其他各种应收及暂付款项。
当企业垫付运费时，需要进行会计分录处理。首先，借记其他应收款—垫付运费。这意味着企业将垫付的运费计入其他应收款科目中，以反映企业的负债。
接下来，贷记现金等。这意味着企业从现金或其他支付方式中支付了垫付的运费，减少了企业的现金或等价物。
当企业实际收到垫付的款项时，需要做相反的分录进行处理。具体来说，借记现金等，贷记其他应收款—垫付运费。这样，企业就可以将实际收到的款项与之前的垫付费用相对冲，确保账目的准确性。
总之，对于企业垫付的运费，应该将其计入其他应收款科目进行核算。在垫付时，需要进行相应的会计分录处理，包括借记其他应收款—垫付运费和贷记现金等。而当实际收到垫付的款项时，则需要做相反的分录进行处理，以确保账目的准确性。