当企业遭遇非正常损失的原材料成本及进项税时，需要进行相应的账务处理。首先，需要将这部分损失结转到待处理财产损益中。具体分录如下：
借：待处理财产损益 贷：原材料 应缴税金—应缴增值税—进项税额转出
其次，根据损失的原因，将待处理财产损益的金额扣除责任人的赔偿后，转入管理费用或营业外支出。如果损失是由于管理上的失误造成的，应将其转入管理费用；如果是由于火灾等自然灾害造成的，则应将其转入营业外支出。具体的分录如下：
借：管理费用或营业外支出 其他应收款—某某 贷：待处理财产损益
通过以上两步操作，企业可以对非正常损失的原材料成本及进项税进行合理的账务处理，确保财务数据的准确性。同时，这也有助于企业分析损失原因，采取相应措施避免类似问题的再次发生。