当公司由于管理不善而导致原材料损失时，会计分录的处理方式如下：
首先，我们需要记录损失的原材料。这可以通过借记“待处理财产损溢”来实现。这个账户用于记录公司尚未确定具体原因或责任人的损失。
其次，我们需要将损失的原材料从公司的账簿中扣除。这可以通过贷记“原材料等”来实现。这样，公司的原材料账户就会反映出实际的损失情况。
然后，我们需要将相应的增值税从账簿中扣除。这可以通过贷记“应交税费—应交增值税(进项税额转出)”来实现，除非这种损失是由自然灾害引起的。
接下来，我们需要将由于管理不善造成的损失计入公司的费用。这可以通过借记“管理费用”来实现，但需要扣除应由他人承担的赔款后的一般经营损失或管理不善。
最后，我们需要将已经处理的损失从“待处理财产损溢”账户中扣除。这可以通过贷记“待处理财产损溢”来实现。
需要注意的是，管理不善造成的损失是非正常损失。非正常损失是指因管理不善造成货物被盗、丢失、霉烂变质等损失，不包括自然灾害。因此，在处理这些损失时，我们需要特别注意区分正常损失和非常损失，以便正确地进行会计处理。