在会计核算中，存货盘亏可能会涉及到的账户包括：待处理财产损溢、原材料、其他应收款、管理费用和营业外支出。
首先，在清查阶段，需要做的会计分录是：借记待处理财产损溢，贷记原材料等。如果是因为自然灾害等原因导致的存货盘亏，还需要贷记应交税费—应交增值税（进项税额转出）。
接下来，在处理阶段，需要按照管理权限报经批准后，根据造成存货盘亏的原因进行相应的处理。如果是回收残料价值，需要借记原材料；如果是应收的赔偿，需要借记其他应收款；如果是计量收发差错、一般经营损耗以及管理不善造成的存货盘亏，需要借记管理费用；如果是自然灾害等非常原因造成的存货盘亏，需要借记营业外支出。最后，所有的借方科目都需要与贷方的待处理财产损溢相对应。
需要注意的是，因非正常原因（如管理不善导致被盗、丢失、霉烂变质）导致的存货盘亏或毁损，按规定不能抵扣的增值税进项税额，应当予以转出。而因为意外灾害导致的存货盘亏或毁损，增值税进项税额可以抵扣的，就不需要转出。